Un primo punto fermo lo aveva fissato la relazione della direzione Protezione Natura del ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, che indicava la necessita' in via straordinaria ed al fine di garantire la funzionalita' delle aree marine protette, di sciogliere i problemi di gestione di tre aree marine protette in Sicilia.

Cos' il ministro dell'Ambiente Alfonso Pecoraro Scanio ha firmato i provvedimenti che affidano la gestione temporanea delle aree marine protette delle Isole Egadi (Trapani), Capo Gallo-Isola delle Femmine e dell'isola di Ustica (Palermo) all'Apat, Agenzia per la protezione dell'Ambiente e per i servizi tecnici, nelle more che si chiarisca la corretta interpretazione delle norme relative agli affidatari della gestione stessa.  Per il ministero "la scelta di affidare all'Apat, in via transitoria, la responsabilita' della gestione di tali aree marine protette e' stata compiuta alla luce delle competenze e delle funzioni squisitamente tecnico-operative proprie dell'Agenzia ed in relazione a quanto indicato dalla relazione della direzione generale del ministero, con lo scopo di garantire una gestione che risulti omogenea e coerente con gli obiettivi istituzionali propri delle aree marine protette della salvaguardia e tutela del patrimonio naturale esistente".
Inoltre, il ministro dell'Ambiente ha richiesto all'Apat di "operare valorizzando le competenze e con una grande capacita' di ascolto del territorio". Pecoraro Scanio ha nello stesso tempo sollecitato la direzione Protezione Natura del ministero a definire nuove iniziative e risorse per rilanciare gli impegni riguardanti le aree marine protette del Plemmirio (Siracusa), di Lampedusa (Agrigento) e delle Isole Ciclopi (Catania) e di accelerare le procedure di istituzione delle nuove aree marine protette richieste anche dagli enti locali siciliani